QGISでデフォルトの座標系(CRS: Coordinate Reference System)を設定するには以下のように操作する。

「設定」→「オプション」でオプションダイアログ|CRSが開くので、「常に次のCRSで新プロジェクトを開始する」の「CRSの選択」ボタンを押す。

「空間参照システム」ダイアログが開くので、「フィルター」の欄に”JGD2000″と入力。

「世界中の空間参照システム」のエリアのトップにJGD2000/EPSG4612が表示されるので、それを選択して「OK」。